以下是坂仓的笔记：
3月17日桌上钢笔又被移动5cm左右，果然有人隐藏在我的办公室里。
4月15日住的地方似乎有谁，警方却没有搭理，因为没有侵入迹象也没有失窃东西。
6月11日我换了门锁装了监视器也没用。
7月6日到底是谁？快点出来!!!
12月19日累了，这么下去说不定哪天被杀了。
（次年）1月6日为了从这恐怖的生活中解脱，在桌子里面放了张纸条：接受你们的要求。
1月8日意外地很快就有了回复，留下的纸条被换成侵入者的纸条，写着红色的OK同时，还有一个奇怪的电话，红色的字说不定是用血写的，是表示如果对他人泄露将会丧命吗？
1月23日犹豫一段时间后决定不向警察通报这件事，并且拨打了那个电话，接电话的是个女的，说话口吻像个女王般高高在上，她的要求是在一年内完成上次提到的软件开发，并且可以领到巨额报酬，果然是上次那个男人的同伴。
2月13日和他们改成用Email联系，我向他们要求先付订金，以及从此不可以在我身边神出鬼没潜伏。
12月22日不行，我果然做不到，除了因为我的眼睛越来越差，更重要的是为了人类，我不能做。
（第三年）2月9日终于期限就要到了，我把未完成的软件，以及从他们那里得到的订金一起藏在别墅电脑旁，决定去国外旅游。他们会在五天后用邮件告知我交收软件的时间和地点。在那之前，要想办法去国外。
2月10日但是他们想用这个软件做什么呢？最初打电话的那个女人的奇怪言语至今回响在耳边，是的，当我用愤怒的口气对她说：你们到底想做什么。的时候，那个女的冷笑着用英语说：Wecanbebothgodanddevil，sincewe`retryingtoraisethedeadagainstthestreamoftlme。与黑暗组织有关的案子只有这五集、及列车篇才是最有价值的，只有这几集真正涉及到了黑暗组织的内幕。以前曾有人讨论过哪些事柯南不知道，坂仓开发软件的内容绝对是柯南、灰原、CIA、FBI、本堂瑛佑、平次、KID……以及所有调查、察觉黑暗组织存在的人所不知道的。
日记里有几个不正常的地方
1坂仓一开始就做好去国外的打算，那为什么同时接了三份软件开发的工作？现在的人能同时接三份软件开发吗？
2相马龙介找到坂仓时，坂仓却嘲笑他没用，就这话激起了相马龙介的杀心，当时坂仓是故意还是无意间说的？一个谨慎的人突然会说这种话？
3龙舌兰被炸死的发布会上相马龙介也在场，当时他怎么没出现？
4只是连续有人闯空门，没丢东西，坂仓却紧张害怕成这样？不太正常
5打电话的女人是苦艾酒吧？但列车篇提到她和坂仓因某件事大吵了一架，这和笔记里提到的不符合，如果因为确定是她而吵的，坂仓就不会说“那个女人”了。
6头年7月和12月间、第二年2月到12月间坂仓居然什么也没写，中间发生了什么事？特别是7月，既然说“到底是谁，快点出来”说明已经不耐烦了，可直到12月才打算联络。
7现实里有没有那种邮件？就是必须在规定时间内输入密码否则会消失。还有专门的加密程序应用于软件，需要特定电脑才能打开的。
8软件没有完成，此外坂仓死亡时间和山庄接电话时间不符合，组织难道不在意这事？
9为了人类，我不能做。和最后那句话有什么关系？
10小五郎和那三人一起找坂仓时他们说找到坂仓后请吃饭，可为什么最后还是回家吃了？