#名侦探柯南#与黑衣组织及FBI相关的剧集：
《云霄飞车杀人案件》
《董事长千金诱拐事件》（非黑衣组织）
《新干线大爆破事件》（非黑衣组织）
《奇怪的寻亲杀人事件》（非黑衣组织）
《江户川柯南诱拐事件》（优作夫妇）
~《外交官杀人事件》（工藤出现）
《电玩公司杀人事件》（龙舌兰被炸死）
~《福尔摩斯迷杀人事件》（服部知道柯南真实身份）
《黑暗组织10亿抢劫事件》（宫野明美）
~《来自黑暗组织的女子大学教授杀人事件》（雪莉、贝尔摩德）
~《与黑暗组织的再会》（雪莉）
《侦探队洞窟探险记》
《名侦探负伤记》
《第三个选择》
《黑衣骑士》（二次变身工藤）
《新一回来了》
《约会的地点》
~《格斗游戏的陷阱》（茱蒂）
~《神秘乘客》（贝尔摩德、赤井）
《元太的灾难》（GIN左撇子）
~《本厅刑事恋爱物语4》（赤井出现、贝尔摩德化身新出医生与柯南合作，帮助高木促成佐藤和白鸟的赌约）
~《来自芝加哥的男子》（赤井）
~《情人节的真相》（想起芝加哥男子的话）
~《犯罪的纪念品》（丢失死去老婆的手表灰原与柯南对话）
~《情急之下的应变之道》（毛利办案记录）
《幽灵屋的真相(前篇)》（新出给小兰治病）
~《英语教师VS西部名侦探》
~《疯狂足球迷》（贝尔摩德）
~《中华街的雨中幻影》（赤井、莎朗）
~《工藤新一纽约事件》（贝尔摩德化身银发杀人魔）
~《残留下来的无声证言》（板仓、龙舌兰、贝尔摩德）
~《接触黑色组织》（赤井、琴酒、沃克）
~《用钱买不到的友情》（灰原父亲）
~《东都现象所的秘密》（灰原被跟踪）
~《四台保时捷》（贝尔摩德发现灰原是sherry）
~《隐藏在厕所中的秘密》（灰原母亲的录音）
~《便利商店的陷阱》（朱蒂回忆父亲去世往事，兰在朱蒂家中的发现）
~《与黑暗组织面对面》
~《找寻臀部上的记号》（灰原证人保护制度）
~《帝丹高中校园灵异事件》（真正的新出医生回归）
~《星星和香烟的暗号》（柯南想起沉默的航线中凶手在警局本想要给鸟取县的朋友打电话，和山村警官给鸟取县的奶奶拨号的按键声和贝尔摩德输boss手机号码时的按键声很相似，都是区号，推测Boss在鸟取县）
~《斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音》
（Boss的手机号）
~《黑色冲击！组织之手逼近的瞬间》（水无怜奈、基尔、香缇、科伦、赤井、毛利小五郎命在旦夕）
《超机密的上学路（后篇）》（提到和水无怜奈很像的高中生）
~《无法回头的两人》（本堂瑛佑）
~《被封死的窗户》（本堂瑛佑）
~《黑暗组织的影子》（本堂瑛佑、琴酒等人）
《打不破的雪人（前编）》（讨论本堂瑛佑）
~《和服部平次共度的3天》
~《黑色照片的去向》（本堂瑛佑调查结果）
~《红与黑的撞击》（水无怜奈姐弟身世，赤井秀一疑似牺牲，水无怜奈cia身份遭到组织怀疑）
~《卡拉ok包厢的死角》（本堂瑛佑发现新一身份）
《红白黄色与侦探团》（水无怜奈声称波本的成员专门调查sherry。冲矢昴出场，灰原哀察觉出异样）
《柯南VS双重暗号之谜》
《推理对决！新一vs冲矢昴》（纸飞机事件）
~《让鱼儿消失的一角岩》（冲矢昴的言语直逼灰原）
~侦探团vs强盗团(骚乱)（疑似赤井秀一的人登场)
《引发危机的红色前兆》（赤井秀一）
《黑色13的暗示》（琴酒、伏特加、赤井）
《步步逼近的黑色期限》（琴酒、伏特加、基尔、柯伦、香缇）
《摇曳的红色目标》
~《紧急事件》（回忆新兰伦敦事件、灰原的提醒、回忆起纽约事件）
~《婚礼前夕》（波本出现）
~《侦探们的夜想曲》（波本）
～《一点也不能原谅》（灰原回忆赤井的话）
～《以性命为赌注的恋爱转播》
~《逼近灰原秘密的黑影》（灰原变雪莉）
~《漆黑的特快列车》（贝尔摩德、波本、赤井）
《密室中的柯南》（回忆上集）
《解谜的波本》
《香甜冰冷的快递（后篇）》（波本）
~《茱蒂的追忆与赏花的陷阱》（茱蒂、灰原回忆）
《小五郎在酒吧里（后篇）》（回忆波本和贝尔摩德假装的夫妻赏樱）
《小兰也倒在浴室里了（前篇）》（回忆赏樱、波本）
~《气氛僵硬的茶会》（医院查楠田陆道，外号是零，并想起童年与灰原母亲的回忆，从高木口中得知楠田为自杀）
~《绯色系列》（赤井回归）
《三名第一发现者（前篇）》（Rum、波本被提到）
《悄悄靠近安室的暗影》（贝尔摩德电话告知波本，琴酒盯上了，剧场版0的执行人相关）
~《关系不好的女子乐队》（世良大哥身份）
~《不明真相的侦探团》（领域外的妹妹）
~《千叶的UFO疑难案件》（领域外的妹妹、赤井与灰原的关系、回忆朱蒂好友受伤事件）
~《背叛的舞台》（赤井、波本、贝尔摩德，小兰想起自己救小哀的时候……）
《柯南和平次的传说》
~《试衣间的死角》（从世良回想起赤井年轻时）
~《涟漪中的魔法师》
~《在波洛咖啡店解谜》（神秘人和田进一，红叶出场）
～《怪盗基德的机关盒》（基德拍到冲矢昂照片）
~《新老师的骸骨事件》（若狭留美以副班主任出场）
《蛋糕融化了》（剧场版0的执行人相关）
《三名女高中生的秘密咖啡店（前篇）》(提到波洛咖啡店，兰期待去东京见冲田)
~《饱含心意的手机挂件》（安室、赤井、风见出场。帮灰原找挂件，想拿解药去见小兰。）
《寻找玛丽亚（后篇）》
~《充满谜团的鸡尾酒》
剧场版05《通往天国的倒计时》
剧场版13《漆黑的追踪者》